微生物具有容易变异的特性，因此，在保藏过程中，必须使微生物的代谢处于最不活跃或相对静止的状态，才能在一定的时间内使其不发生变异而又保持生活能力。

低温、干燥和隔绝空气是使微生物代谢能力降低的重要因素，所以，菌种保藏方法虽多，但都是根据这三个因素而设计的。

菌种保藏方法大致可分为传代培养保藏法、液体石蜡覆盖保藏法、载体保藏法、寄主保藏法、冷冻保藏法、冷冻干燥保藏法等。

正规、严格的菌种贮藏方法需要一些设备，对操作技术也有很高要求，对广大的菇农来说，一些简单的土办法更可行。

井底低温贮藏将要贮藏的试管母种，用无菌橡皮塞蘸石蜡封口，装入密闭的广口瓶或塑料袋中扎紧，沉入井底贮藏，可贮藏2～5个月。

石蜡封口贮藏把蜡纸裁成6～8厘米见方，放入75%酒精中浸泡l分钟。将已培养好试管种的管口在酒精灯火焰上方旋转灭菌后，用镊子取出蜡纸，扎紧管口。再将包好蜡纸的管口浸入熔化的石蜡中，将蜡纸完全浸入，使蜡纸紧紧封包在管壁上，绝不漏气。待石蜡冷却凝固后，置冰箱或室温下保存。

玻璃纸封口贮藏用明胶15克（粘合剂），硫酸铜2克，美蓝1～2滴（指示剂），溶于毫升热水中，配制成封口剂。将新长满的母种拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口剂，贴上用95%酒精浸泡过的玻璃纸，用石蜡熔封。在室温下，菌种至少可保存8个月，并能防止霉菌或螨的浸染。在斜面注入无菌矿油（液体石蜡），可大大延长贮藏时间。

厩肥贮藏此法适合贮藏双孢菇等草腐菌类。将腐熟牛粪等堆肥晒干、打碎，取克干堆肥，用5毫米孔径筛过筛，加0毫升水调湿，装入试管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕压力下灭菌2小时。确认无菌后，接种，菌丝长满后，放在3℃冰箱内贮藏，每隔2年移植一次。在长期贮藏中，如培养基失水，应将贮藏菌种及时接种在琼脂斜面上进行活化，再继续保存。此法连续贮藏4年后，其生产性状未出现明显变化。

1、保证菌种的纯培养，注意不要用被杂菌污染的菌种，不要近距离相连接培养。

2、严格控制菌种传代次数，减少机械损伤，保证菌种活力。

3、适当低温保存菌种，低温型菌种如蘑菇、香菇等，在4℃有利于保存菌丝体的活力，高温型菌种如草菇在16℃有利于保存菌丝体的活力。

4、避免在单一培养基中多次传代；菌种不宜过长时间使用，超龄菌种会出现老化，而老化与退化是有机相连的，生活力弱的菌种很容易出现退化。

5、菌种要定期进行复壮，在适温、合适酸碱度、充足氧量、无杂菌培养等条件下进行。

6、每年进行孢子分离，以有性繁殖来发现优良菌株，以组织分离来巩固优良菌株的遗传特性。

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